La Libre Pensée est, dans sa défense de la laïcité et de la loi de 1905, objet de polémiques, certains de ses militants sont attaqués sur les réseaux sociaux, sa librairie vient d’être taguée. Elle est particulièrement visée par la droite et l’extrême droite (Reconquête).
Les attaques contre la Libre Pensée mêlent ignorance laïque, mauvaise foi et volonté de changer la loi de 1905.
La Ligue des droits de l’Homme a plusieurs fois rappelé avec un collectif d’associations laïques historiques qu’il ne faut pas toucher à la loi de 1905 et qu’il faut défendre la laïcité.
La LDH apporte son soutien à la Libre Pensée, objet de campagnes diffamatoires.